全区拥有2个三级甲等医院（重庆市第九人民医院、北碚区中医院），公共卫生机构4个（区疾控中心、区妇幼保健计划生育服务中心、区精神卫生服务中心、区卫生健康执法支队），其他直属医疗卫生单位21个（卫生健康事务管理中心1个、妇幼保健院1个、乡镇卫生院8个、社区卫生服务中心11个）；有其他各级各类医疗机构400余家。全区医疗机构编制床位5497张，每千人口床位数6.82张、执业（助理）医师数3.26人、注册护士数4.08人。

近年来，北碚区认真贯彻落实全国卫生与健康大会和全市卫生健康工作精神，始终坚持以深化改革、服务民生为抓手，固本强基，开拓创新，服务能力不断提升，服务体系不断完善，健康北碚建设取得明显成效。全区建成国家级重点学科（专科）7个，市级重点学科（专科）30个，北碚区先后成功创建成为国家卫生区、国家慢性病综合防控示范区、全国基层中医药工作先进单位。