取得了特殊疾病资格的重庆市城乡居民合作医疗保险参保人员一年内多次住院的,住几次院就计付几次。

依据：根据渝人社〔2012〕127号的第二部分待遇管理中住院支付标准内关于起付线的规定：参保人员住院需自付起付线的金额，标准为：一级医疗机构100元/次，二级医疗机构300元/次，三级医疗机构800元/次。