北碚区持续优化医疗卫生资源配置，服务体系健全，服务能力稳步提升。全区现有三级甲等医院2家（重庆市第九人民医院、广州中医药大学第一附属医院重庆医院〈北碚区中医院〉），公共卫生机构3个（区疾病预防控制中心〈区卫生监督所〉、区妇幼保健计划生育服务中心、区精神卫生中心），其他直属医疗卫生单位21个（含卫生健康事务管理中心1个、基层医疗机构会管中心1个、乡镇卫生院11个、社区卫生服务中心8个）。另有其他各级各类医疗机构400余家。

全区医疗机构编制床位5032张，实际开放床位4807张。每千人口床位数8.55张、执业（助理）医师3.2人、注册护士3.86人。

近年来，北碚区深入贯彻全国及全市卫生健康工作会议精神，坚持以人民健康为中心，持续健全服务体系、提升服务能力，健康北碚建设取得明显成效。截至目前，全区建成国家级重点学科（专科）10个、市级重点学科（专科）55个。北碚区先后获评国家卫生区、国家慢性病综合防控示范区、全国基层中医药工作先进单位。